Human Cell Atlas

数据集全球数据库

国际单细胞图谱联盟及其数据门户,规模为二手口径

数据类型
单细胞图谱
规模口径
约 6,200 万细胞 / 9,100 位供者(二手,2025-01)
链接
data.humancellatlas.org

内容与规模

HCA 是 2016 年启动的国际联盟,目标是绘制人体所有细胞类型,数据通过 Data Portal 提供。二手口径:2025-01 更新含约 6,200 万细胞、9,100 位供者;官方页未给精确数字 ⚠️ [1][2]。

格式与 license

数据由各贡献实验室提交,门户做统一元数据;许可条款未查到,部分数据同时出现在 CZ CELLxGENE Discover / Census 中。

哪些模型拿它训练或评测

未核到明确声明以 HCA 门户为训练语料的模型;其数据主要经 CZ CELLxGENE Discover / Census 等再处理库间接进入 scGPT 一类单细胞基础模型的预训练。

已知偏差与泄漏

供者数量虽多,但组织覆盖不均,偏向易获取的血液和免疫组织;同一数据在 HCA 门户、CELLxGENE 和 GEO 中多处存在,跨库合并时去重不严会造成评测泄漏,见 数据泄漏(训练-测试泄漏)。HCA 提供的是正常/参考细胞,缺少扰动标签。

来源

  1. https://pcrm.org/news/innovative-science/human-cell-atlas-consortium-shares-latest-collection-foundational-studies (二手,2026-10-15)
  2. https://data.humancellatlas.org/about (2026-10-15)

卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”;⚠️ 为未经独立核实。