实体卡片
公司与机构 · 77
10x Genomics公司与机构 · 美国
单细胞/空间组学耗材龙头；Flex Apex 单周 384 样本、1 亿细胞
A-Alpha Bio公司与机构 · 美国
酵母展示加测序的高通量蛋白互作测定（AlphaSeq）服务商
Absci公司与机构 · 美国
自建抗体数据工厂的上市 AI 药物发现公司
Acceleration Consortium公司与机构 · 全球
多伦多自驱实验室研究联盟，C$200M CFREF 拨款
Adaptyv Bio公司与机构 · 瑞士
按设计公开标价的蛋白 binder 验证服务，运营 Proteinbase 与竞赛
Align to Innovate公司与机构 · 全球
机构信息待核；与 OpenBind 的关系未核到
Ansa Biotechnologies公司与机构 · 美国
酶促 DNA 合成；2025-10 发布 50 kb 克隆 DNA，称 25 天交付
Antibody Developability Consortium（AbDev）公司与机构 · 美国
Ginkgo 与 Apheris 联合发起、联邦训练的抗体可开发性数据联盟
Arc Institute公司与机构 · 美国
美国非营利生物医学研究所，运营虚拟细胞图谱与挑战赛
Arctoris公司与机构 · 英国
Ulysses 自动化平台，定位向 AI 药物发现供数据
Axiom Bio公司与机构 · 美国
用人原代肝细胞筛选的肝毒数据与模型公司
Basecamp Research公司与机构 · 英国
惠益分享型自然界序列数据商，声称 BaseData 含 98 亿条新蛋白序列
Benchling公司与机构 · 美国
ELN/LIMS 平台，Automation 与 Claude MCP 集成
BioMap（百图生科）公司与机构 · 中国
xTrimo 与 scFoundation 背后的 AI 生命科学公司
Broad Institute公司与机构 · 美国
基因组与单细胞公共数据的开放运营方，JUMP-CP 的牵头机构之一
Bruker公司与机构 · 美国
timsTOF 质谱与空间组学（NanoString）厂商，Orbitrap 的主要对手
CAS SciFinder公司与机构 · 美国
美国化学会 CAS 旗下 150 年化学与专利知识库
CDD Vault（Collaborative Drug Discovery）公司与机构 · 美国
云端化合物与检测数据管理，已接入 Lilly TuneLab 模型
Chai Discovery公司与机构 · 美国
共折叠与 de novo 抗体设计模型公司，Chai-1 开源、Chai-2 闭源
Chan Zuckerberg Biohub公司与机构 · 美国
CZI Science 与 Biohub 合并，并入 EvolutionaryScale 团队
Clarivate Cortellis公司与机构 · 英国
药物情报、专利、监管与临床试验库，机构订阅制
EMBL-EBI公司与机构 · 英国
欧洲生物信息研究所，UniProt、ChEMBL、AlphaFold DB 等的运营方
Element Biosciences公司与机构 · 美国
AVITI / AVITI24 测序仪，公司称 $/Gb 降 >30%
Elsevier Reaxys公司与机构 · 欧洲
RELX 旗下化学反应、物质与性质数据库，订阅制
Emerald Cloud Lab公司与机构 · 美国
云实验室，与 CMU 共建大学云实验室
Emulate公司与机构 · 美国
Organ-Chip 公司，Liver-Chip 提交 FDA ISTAND 完整资质包
Enamine公司与机构 · 欧洲
按需合成化合物空间 REAL 的供应商，CACHE 等竞赛的化合物来源
EvolutionaryScale公司与机构 · 美国
ESM3 开发商，2025-11 并入 CZI Biohub
Flatiron Health公司与机构 · 美国
肿瘤 EHR 软件与策展真实世界数据，Roche 全资
FutureHouse / Edison Scientific公司与机构 · 美国
科学 agent 基准 LAB-Bench、BixBench 的运营方
Generate Biomedicines公司与机构 · 美国
蛋白生成模型 Chroma 开发者，自建湿实验室
Genesis Molecular AI公司与机构 · 美国
小分子 AI 药物发现公司，2025-10 由 Genesis Therapeutics 更名
Ginkgo ADME-One公司与机构 · 美国
Ginkgo Datapoints 的五项 ADME 套餐，$199/panel
Ginkgo Datapoints公司与机构 · 美国
Ginkgo 面向 AI 的数据生产业务，含 ADME-One 与抗体可开发性联盟
Hamilton Company公司与机构 · 瑞士
高端液体处理工作站，私营；自驱实验室常见底座
Illumina公司与机构 · 美国
短读长测序龙头；NovaSeq X "$200 基因组"，自建十亿细胞扰动数据产品并收购 SomaLogic
Integrated DNA Technologies (IDT)公司与机构 · 美国
Danaher 旗下寡核苷酸与基因片段厂商；片段 7 美分/碱基起
Isomorphic Labs公司与机构 · 英国
DeepMind 药物发现分拆公司，闭源 IsoDDE
Latent Labs公司与机构 · 英国
蛋白生成模型公司，A 轮 $4,000 万
Lila Sciences公司与机构 · 美国
Flagship 孵化的 AI Science Factories，累计融资约 $5.5 亿
NCBI / NLM公司与机构 · 美国
美国国家生物技术信息中心，GenBank、PubChem、GEO/SRA 的运营方
Nabla Bio公司与机构 · 美国
自建湿实验的 AI 抗体/蛋白设计公司，通量披露有限
Opentrons公司与机构 · 美国
低价开放液体处理机器人，Flex 起价 $24,950
Owkin公司与机构 · 欧洲
联邦多模态患者数据网络，卖 agent 产品而非裸数据
Oxford Nanopore Technologies公司与机构 · 英国
纳米孔长读长测序仪与耗材厂商，2025 年营收 2.24 亿英镑
PacBio公司与机构 · 美国
Revio / Vega 长读长 HiFi 测序；Vega 每次约 $995，约 $11/Gb
Parse Biosciences公司与机构 · 美国
split-pool 单细胞试剂与 GigaLab 服务；Qiagen 宣布收购
Parse GigaLab公司与机构 · 美国
Parse Biosciences 的大规模单细胞建库服务，做出 Tahoe-100M
Periodic Labs公司与机构 · 美国
材料/物理 AI 科学家，自建机器人实验室，种子轮 $3 亿
Profluent公司与机构 · 美国
ProGen3 开发商，自建宏基因组蛋白库
Recursion公司与机构 · 美国
自建表型成像平台的上市 AI 药企，向 Tempus 买数据并开源 RxRx
Retro Biosciences公司与机构 · 美国
延寿生物技术公司，与 OpenAI 合作用湿实验验证蛋白模型
Scale Biosciences公司与机构 · 美国
QuantumScale 单细胞平台；2025-08 被 10x 收购
Schrödinger（FEP+ / Bunsen）公司与机构 · 美国
机理仿真软件龙头，FEP+ 是药化界的计算真值
Strateos公司与机构 · 美国
原 Transcriptic 远程实验室，2023 转向本地部署
Tahoe Therapeutics公司与机构 · 美国
原 Vevo，造并开源 Tahoe-100M，目标 10 亿细胞
Tempus AI公司与机构 · 美国
临床+分子多模态真实世界数据授权商，生物 AI 数据公开现金交易的核心一方
Thermo Fisher Scientific公司与机构 · 美国
冷冻电镜、Orbitrap Astral 质谱与 Olink 的母公司
Twist Bioscience公司与机构 · 美国
硅基 DNA 合成；基因片段 7¢/bp 起，AI 设计验证的 DNA 供给方
Ultima Genomics公司与机构 · 美国
UG 100 Solaris 测序仪，$80/30x 基因组、$0.80/Gb 的低价挑战者
Unlearn.AI公司与机构 · 美国
用数字孪生预后分数做协变量调整的临床试验 AI 公司
Vivodyne公司与机构 · 美国
机器人化人体组织测试平台，$40M A 轮
Xaira Therapeutics公司与机构 · 美国
2024 年 $10 亿启动的 AI 药物发现公司，公开 X-Atlas/Orion
insitro公司与机构 · 美国
机器学习加高通量细胞实验的药物发现公司，公开材料有限
万乘基因 10K Genomics公司与机构 · 中国
国产二梯队高通量单细胞平台；装机 30+ 为公司自报
医渡科技 Yidu Tech公司与机构 · 中国
中国医疗大数据与 AI 公司，YiduCore 累计处理约 90 亿份授权医疗记录
华大智造 MGI Tech公司与机构 · 中国
国产测序龙头；DNBSEQ-T20x2 称 <$100 基因组、约 $0.99/Gb
华大（BGI）公司与机构 · 中国
华大系基因组机构；测序仪业务见华大智造，美国市场受实体清单限制
晶泰控股 XtalPi公司与机构 · 中国
量子物理加 AI 加机器人实验的药物与材料研发平台，港股 2228
深势科技 DP Technology公司与机构 · 中国
北京 AI for Science 公司，DeePMD / Uni-Mol / Bohrium
百奥赛图 Biocytogen公司与机构 · 中国
全人抗体小鼠与抗体序列库，港股 2315.HK
药明康德 GalaXi公司与机构 · 中国
药明康德与 BioSolveIT 的按需合成虚拟化学空间，约 258 亿
药明康德 WuXi AppTec公司与机构 · 中国
中国 CRDMO 龙头，ADME/DMPK/毒理外包，处于 1260H 诉讼
药渡 Pharmcube公司与机构 · 中国
中国药物情报数据库，公开财务与融资信息未查到
诺禾致源（Novogene）公司与机构 · 中国
提供测序服务的上市公司，网页下单 50 Gb 起 350 美元
金斯瑞 GenScript公司与机构 · 中国
基因合成到蛋白/抗体一体化服务商，同时做 AIDD 湿实验
镁伽科技 MegaRobo公司与机构 · 中国
智慧实验室与智能制造，2024 营收 9.3 亿元
数据集 · 76
ANI-1x / ANI-1ccx数据集
约 500 万 DFT 点的主动学习采样数据集，约 1,400 万核小时
ATLAS数据集
蛋白动力学 MD 库，第一版 1,390 条链，每链 3×100 ns
Adaptyv 蛋白设计竞赛数据集 · 瑞士
EGFR 竞赛两轮命中率 2.5%→13–14%；2026 年 Anthropic 联合竞赛将测 5,000+ 蛋白
AlphaFold Protein Structure Database数据集 · 英国
EMBL-EBI 与 DeepMind 联合发布的约 2 亿条预测蛋白结构库
Arc Virtual Cell Atlas数据集 · 美国
Arc 整合 scBaseCount 与 Tahoe-100M 的 3 亿+ 细胞公开图谱
Arc Virtual Cell Challenge数据集 · 美国
Arc Institute 扰动预测竞赛，2026 年改为零样本
BenchBB数据集 · 瑞士
Adaptyv 策划的 7 靶点 binder 设计湿实验基准
BindingDB数据集 · 美国
以专利策展驱动增长的结合亲和力数据库，290 万测量值
BixBench数据集 · 美国
计算生物 agent 基准：53 场景、近 300 开放题，已逼近饱和
CACHE Challenges数据集 · 全球
前瞻小分子 hit finding 竞赛，数据无专利限制公开
CAMEO数据集 · 瑞士
每周对结构预测服务器做盲评，利用 PDB 发布周期选靶
CASP数据集 · 美国
两年一届的蛋白结构预测前瞻盲测，真值来自未公开实验结构
CZ CELLxGENE Discover / Census数据集 · 美国
CZI 策展的单细胞库，约 2.18 亿细胞（去重约 1.25 亿）
CZI Billion Cells Project数据集 · 美国
CZI 与 10x、Ultima 合作的 10 亿细胞计划，含遗传扰动图谱
Cambridge Structural Database (CSD)数据集 · 英国
CCDC 维护的小分子与金属有机晶体结构库，超 140 万条
ChEMBL数据集 · 英国
文献策展的生物活性数据库，小分子活性预测的默认训练集
ClinVar数据集 · 美国
NCBI 的遗传变异-临床意义提交库，变异效应预测的标准评测标签
DepMap数据集 · 美国
Broad 的癌细胞系依赖性图谱，虚拟细胞模型常用评测真值
DockGen数据集 · 美国
按 ECOD 域切分的分子对接泛化基准
DrugBank数据集
药物-靶点数据库，学术下载暂停，多数内容限非商用
ENCODE数据集 · 美国
美国基因组调控元件百科全书，开放功能基因组学实验库
ESM Metagenomic Atlas数据集 · 美国
Meta AI 对宏基因组蛋白的 6.17 亿条结构预测库
Electron Microscopy Data Bank数据集 · 英国
EMBL-EBI 维护的冷冻电镜密度图档案，2025 年单年发布首破 1 万条
Ensembl数据集 · 欧洲
EMBL-EBI 的基因组注释与比较基因组学平台
GEO 与 SRA数据集 · 美国
NCBI 的功能基因组与原始测序档案，单细胞公共数据的上游
GTEx 与 TCGA数据集 · 美国
组织转录组与肿瘤基因组两大人群级参考数据，个体级数据受控
GWAS Catalog数据集 · 欧洲
NHGRI-EBI 维护的全基因组关联研究结果目录
Human Cell Atlas数据集 · 全球
国际单细胞图谱联盟及其数据门户，规模为二手口径
Human Protein Atlas (HPA)数据集 · 欧洲
瑞典主导的人类蛋白组织表达与亚细胞定位图谱
INSDC（GenBank/ENA/DDBJ）数据集 · 全球
三大核酸序列档案的国际联盟，GenBank 达 8.24 万亿碱基
Illumina Billion Cell Atlas数据集 · 美国
测序厂商直接做的 CRISPR 扰动数据产品，目标 10 亿细胞，药企会员制
InterPro数据集 · 欧洲
整合多家成员库的蛋白家族、结构域与功能位点分类
JUMP-Cell Painting数据集 · 美国
Broad 牵头药企联盟的 Cell Painting 形态学库，约 14 万扰动
KEGG数据集 · 日本
京都大学系通路与基因组知识库，批量下载需订阅
LAB-Bench数据集 · 美国
FutureHouse 生物研究能力基准：2,457 题、8 类 30 子任务
MGnify数据集 · 英国
EBI 的宏基因组分析与蛋白库，是 AF/ESM/OpenFold3 的共同底座
MISATO数据集
约 2 万蛋白-配体复合物的 QM 精修加 MD 数据集
MoleculeNet数据集 · 美国
分子机器学习基准：论文口径 17 个数据集、70 万+ 化合物
OMol25数据集
Meta FAIR 的 1–1.4 亿次 DFT 分子数据集，算力约 60 亿 CPU 小时（二手）
Open Catalyst（OC20 / OMat24）数据集
Meta FAIR 的催化与材料 DFT 数据集，OC20 与 OMat24
Open Targets Platform数据集 · 英国
整合遗传学、药物、通路与文献证据的靶点-疾病关联平台
OpenAlex数据集 · 美国
取代 Microsoft Academic Graph 的开放学术元数据图谱
OpenBind数据集 · 英国
英国政府出资的开放蛋白-配体结构与亲和力数据联盟，已发布首批数据
OpenFE / Schrödinger FEP 基准数据集 · 美国
59 体系公共 FEP 基准及 OpenFE 行业复算
OpenGenome2数据集 · 美国
Evo 2 训练集，8.84 万亿核苷酸，Apache 2.0
PDBbind / PDBbind+数据集 · 中国
蛋白-配体复合物亲和力基准，因泄漏争议与订阅许可受限
PLINDER数据集 · 欧洲
44.9 万蛋白-配体体系及基于相似度的防泄漏切分
PoseBusters数据集 · 英国
物理合理性检查包加 428/308 复合物对接基准
Protein Data Bank (wwPDB)数据集 · 全球
全球实验测定生物大分子三维结构的统一档案，AI 结构预测的核心真值
Protein Engineering Tournament数据集 · 美国
开放科学酶设计竞赛，2025 年主题 PETase
ProteinGym数据集 · 英国
蛋白突变适应度基准：217 个 DMS assay、约 270 万错义变异
Proteinbase数据集 · 瑞士
Adaptyv 运营的开放实测蛋白库，含计算预测与阴性结果
PubChem数据集 · 美国
NCBI 聚合 1000 多个来源的化合物、物质与生测库
PubMed / PMC数据集 · 美国
NLM 的生物医学文献索引与全文库，约 4,100 万条
QM9数据集
约 13.4 万稳定小有机分子的量子化学基准，2014 年发布
RNA-Puzzles数据集 · 全球
RNA 三维结构预测的社区盲测，与 CASP 并列的 RNA 参照
Reactome数据集 · 全球
人工审编的开放通路知识库，以人类通路为核心
Runs N' Poses数据集 · 欧洲
约 2,600 个训练截止后体系，量化共折叠模型的记忆效应
RxRx 数据集（RxRx3-core 等）数据集 · 美国
Recursion 开源的表型成像数据集，RxRx3-core 约 22 万图像
SPICE数据集
>110 万构象、15 种元素的小分子与肽类量子化学数据集
STRING数据集 · 欧洲
蛋白互作与功能关联网络库，覆盖逾 1.2 万个物种
SureChEMBL数据集 · 英国
EBI 的专利化学库，2025 年改批量发布并加 AI 注释
Tahoe-100M数据集 · 美国
约 1 亿细胞的药物扰动单细胞图谱，CC0，Arc 图谱首发数据
Therapeutics Data Commons数据集 · 美国
药物发现 ML 数据集与排行榜集合：66 数据集 / 22 任务
Tox21 / ToxCast数据集 · 美国
美国多机构高通量体外毒理库，Tox21 约 1 万种化学品
UK Biobank数据集 · 英国
50 万人队列，付费准入且数据只能在其云平台内分析
UniProt数据集 · 全球
蛋白序列与功能注释的核心库，人工审阅仅占约 0.4%
UniRef/BFD/Uniclust30/MGnify（MSA 库）数据集 · 全球
AF2/AF3 搜索多序列比对所用的序列聚类库集合
Xaira X-Atlas/Orion数据集 · 美国
Xaira 公开的 800 万细胞全基因组 Perturb-seq 数据集
ZINC-22数据集 · 美国
UCSF 的可购买分子库，可搜索规模超 370 亿
bioRxiv数据集 · 美国
生命科学预印本服务器，AI4S 新方法首发地
gnomAD数据集 · 全球
Broad 牵头的群体外显子与基因组变异频率库，v4 约 80 万人
mdCATH数据集
含力信息的多温度蛋白 MD 数据集，覆盖 5,398 个 CATH 结构域
scPerturb数据集 · 全球
44 个公开单细胞扰动数据集的统一整理
华大 CIMA 免疫细胞图谱数据集 · 中国
华大牵头的中国健康成人千万级循环免疫细胞多组学图谱
国家基因组科学数据中心 NGDC / CNCB数据集 · 中国
中国国家级组学数据中心，GSA 用户数据已超 100PB
工具与格式 · 21
A-Lab工具与格式 · 美国
Berkeley/LBNL 的自驱材料合成实验室，2026-01 作者更正
Amazon Bio Discovery工具与格式 · 美国
AWS 抗体设计应用，候选直接下单给湿实验伙伴并回流
AnnData工具与格式 · 欧洲
单细胞矩阵标准容器，h5ad/Zarr 磁盘格式
Beckman Echo 650 Plus工具与格式 · 美国
声波移液工作站，纳升级无接触转移，最高 700 滴/秒
BindCraft工具与格式 · 瑞士
基于 AlphaFold2 反向传播的开源 de novo binder 设计管线
BioEmu工具与格式
微软的蛋白构象系综生成模型，单 GPU 每小时数千构象
Biomni工具与格式 · 美国
斯坦福生物医学通用智能体及配套 BiomniBench 评测
Bohrium工具与格式 · 中国
深势科技的云科研平台，服务数百高校课题组（公司口径）
GROMACS工具与格式
开源 MD 引擎，ATLAS 数据集所用（v2019.6）
Lilly TuneLab工具与格式 · 美国
Lilly 联邦学习平台，贡献数据换模型访问
NVIDIA BioNeMo工具与格式
NVIDIA 的开源生物训练框架加 NIM 微服务
Olink Explore HT工具与格式 · 欧洲
邻位延伸蛋白组面板，约 5,400 蛋白、2 µL 样本；UKB-PPP 的平台
OpenFold / OpenFold3工具与格式
AF2 的开源复现，自蒸馏集约 27 万；OpenFold3 采用 Apache 2.0
OpenMM工具与格式
开源 GPU 加速分子动力学引擎
Orbitrap Astral / Astral Zoom工具与格式 · 美国
Thermo 高通量蛋白组质谱，300 样本/天 >8,000 蛋白（公司口径）
Polaris工具与格式 · 美国
药物发现基准平台及 ASAP-Polaris-OpenADMET 盲测挑战
RDKit工具与格式 · 全球
开源化学信息学工具包，分子表示与指纹的事实标准
Rosetta工具与格式
结构建模与蛋白设计套件，学术免费、商用需年费许可
SomaScan / SomaLogic工具与格式 · 美国
适配体蛋白组平台；2026-01 被 Illumina 收购
VirtualFlow工具与格式
开源超大规模虚拟筛选平台，筛过 >10 亿化合物
cz-benchmarks工具与格式 · 美国
Biohub/CZI 的单细胞评测开源包，初版 6 任务
概念与方法 · 36
Allotrope ADF / ASM概念与方法
分析数据格式：ADF=HDF5+OWL 本体，ASM 为简化模型
AlphaFold DB 与结构蒸馏概念与方法
用预测结构当训练数据的做法，AF2 约 75% 训练样本取自自蒸馏
BIOSECURE Act概念与方法 · 美国
2025-12 随 NDAA 入法，限制联邦与特定中国生物技术公司往来
Cell Painting概念与方法 · 全球
用多色荧光染料给细胞器染色并提取形态特征的高内涵成像法
DMTA 循环概念与方法
设计-制造-测试-分析，闭环的最小单元
DOJ 数据安全计划（28 CFR 202 / EO 14117）概念与方法 · 美国
限制向受关注国家转移美国人批量敏感数据，基因组门槛 100 人
DoD 1260H 名单概念与方法 · 美国
美国国防部"中国军事企业"清单，BIOSECURE 的认定基础
FAIR 原则概念与方法
2016 年科学数据管理原则，强调机器可读、可发现与复用
FDA Modernization Act 2.0/3.0 与 FDA NAMs 路线图概念与方法 · 美国
允许用非动物方法替代部分动物试验，把体外/计算数据变成申报材料
FTE 计费 vs 数据点计费概念与方法 · 全球
CRO 按人头收费还是按可归因数据点收费的计价单位之争
Genesis Mission概念与方法 · 美国
美国能源部牵头的 AI 科学平台国家计划（2025-11 行政令）
MELLODDY概念与方法 · 欧洲
欧盟 10 家药企的联邦学习项目，数据不出各家
NIH 受控数据访问限制与 AI 训练限制概念与方法 · 美国
禁止六国机构访问受控数据库，并限制用受控基因组数据训练生成式 AI
SiLA 2概念与方法 · 瑞士
实验室仪器通信标准，基于 gRPC
sim2real 保真度阶梯概念与方法
仿真可信度沿结构、姿态、亲和力、细胞、疗效逐级放大衰减
三代仿真框架概念与方法
一代机理软件、二代数据驱动势与动力学、三代直接从数据库学习
云数据市场（AWS Data Exchange / Snowflake / Databricks）概念与方法 · 美国
云厂商的数据订阅与共享渠道，生物数据商上架情况大多未核
人类遗传资源管理条例及实施细则概念与方法 · 中国
中国人类遗传资源出境与合作审批规则，仅覆盖基因/基因组信息
价值向验证端迁移概念与方法 · 全球
AI 让生成变便宜后，稀缺性与利润转向验证与真值
冷冻电镜概念与方法 · 全球
结构真值的核心采集设备；Thermo 主导，国产 300kV 刚进入市场
创造与替代概念与方法
分析框架：AI 先替代验证成本低的劳动，创造型价值卡在验证
数据所有权条款概念与方法
湿实验外包的数据归谁、能否二次使用，公开合同文本几乎查不到
数据泄漏（训练-测试泄漏）概念与方法
基准分数被高估的首要原因：测试样本与训练集近重复
机器可下单窗口概念与方法
实验验证可由程序下单、公开标价与周期的窄带
每数据点成本概念与方法
湿实验百美元级、DFT 核时级、结构预测分钟 GPU 级，须落到同一任务才可比
湿实验作为 RL 环境概念与方法 · 全球
把真实湿实验结果当强化学习奖励，训练科学模型
盐类投入品框架概念与方法 · 全球
判断药物研发耗材利润能否随 AI 用量增长的分析框架
真值与仿真成本比概念与方法
同任务下湿实验与计算的成本比；常被引用的倍数在一手出处里找不到
真值少但权重高的配方结构概念与方法
公共库打底、蒸馏放大、少量真值高权重收尾
联邦学习与数据回流概念与方法 · 全球
数据不出门、只回流模型更新或经授权的结果，换取模型访问或优惠
自驱实验室概念与方法
模型选实验、机器做实验的自动闭环
重湿 vs 轻湿概念与方法 · 全球
AI 药物发现公司自建湿实验还是依赖合作方与 CRO 的两种路线
铲子与矿工概念与方法
分析框架：谁向淘金者卖工具，谁自己下矿，生物数据层的"铲子"是湿实验产能
阴性数据概念与方法
公开语料普遍缺失失败结果，Proteinbase 与 CACHE 是少数公开者
验证即服务概念与方法
按设计/按次计价的第三方湿实验验证，Adaptyv 为先例
验证器强度概念与方法 · 全球
奖励信号能多便宜、多快、多可信地判对错，决定 AI 在哪个科学领域先突破
论文与基准 · 33
AlphaFold2论文与基准 · 英国
75% 自蒸馏加 25% PDB 的结构预测奠基模型
AlphaFold3论文与基准 · 英国
PDB 截止 2021-09-30，权重限非营利，输出禁训同类模型
AlphaGenome论文与基准 · 英国
功能基因组轨道预测，1 Mb 输入，蒸馏学生模型
AlphaProteo论文与基准 · 英国
PDB 加逾 1 亿 AF 预测，7/8 靶点成功，仅分阶段共享
Anthropic 蛋白 binder 实验论文与基准 · 美国
Claude 设计 1,320 个 binder，外部实验室验证，数据 CC-BY-4.0 公开
Arc State论文与基准 · 美国
1 亿多扰动细胞训练，数据由 Tahoe、Parse 等外部生产
Boltz-2论文与基准 · 美国
亲和力全用公共库，MD 加二级蒸馏，MIT 许可
Chai-1论文与基准 · 美国
Apache 2.0 含商用的共折叠模型，训练数据明细未取到 ⚠️ ⚠️
Chai-2论文与基准 · 美国
闭源 de novo 抗体设计，52 靶约 16% 命中
ESM-2 / ESMFold论文与基准 · 美国
UniRef50 约 6,500 万簇训练的蛋白语言模型，ESMFold 用 AF2 蒸馏
ESM3论文与基准 · 美国
序列、结构、功能多模态，双层合成：预测结构加逆折叠序列
ESMFold2论文与基准 · 美国
Biohub 开源的结构预测与设计模型，含快速版 ESMFold2-Fast
Evo 2论文与基准 · 美国
OpenGenome2 8.84 万亿 nt 训练的基因组语言模型
GPT-4b micro论文与基准 · 美国
OpenAI 与 Retro 的蛋白工程模型，Yamanaka 因子变体湿筛
Geneformer论文与基准 · 美国
Genecorpus-30M 到 104M 的单细胞基础模型
Ginkgo × OpenAI 自主实验室论文与基准 · 美国
GPT-5 驱动 Ginkgo 云实验室 6 轮，CFPS 成本降 40%
Isomorphic IsoDDE论文与基准 · 英国
闭源药物设计引擎，训练数据未披露
MoLFormer论文与基准 · 美国
约 11 亿 SMILES 的线性注意力化学语言模型
Nucleotide Transformer论文与基准 · 英国
3,202 个人类基因组加 850 物种的 DNA 基础模型
PerturBench论文与基准 · 英国
扰动预测基准框架，主张在 RMSE 之外报告排序指标
Perturb-seq（Replogle 2022）论文与基准 · 美国
首个基因组规模 CRISPRi Perturb-seq，>250 万细胞，Cell 2022
ProGen3论文与基准 · 美国
自建 PPA-1 精选 3.4B 蛋白，最大 46B MoE、1.5T token
ProteinMPNN论文与基准 · 美国
PDB 2021-08 快照、30% 聚类约 2.8 万簇的逆折叠序列设计
RFdiffusion / RFdiffusion2论文与基准 · 美国
RoseTTAFold 微调的扩散设计，RF2 酶设计 41 题全解
RoseTTAFold All-Atom论文与基准 · 美国
PDB 全装配体加约 10 倍 AF2 预测，Science 2024
Tahoe-x1论文与基准 · 美国
自产扰动真值加公共数据混训的 3B 细胞状态模型
The Virtual Lab of AI agents designs new SARS-CoV-2 nanobodies论文与基准 · 美国
Nature 2025，LLM 智能体团队设计纳米抗体并经湿实验验证
TranscriptFormer论文与基准 · 美国
1.12 亿细胞、12 物种的自回归单细胞生成模型
Uni-Mol论文与基准 · 中国
2.09 亿分子 3D 构象加 300 万蛋白口袋
ether0论文与基准 · 美国
FutureHouse 的 24B 化学推理模型，用 GRPO 强化学习训练
scFoundation论文与基准 · 中国
清华加百图生科的 5,000 万细胞单细胞基础模型
scGPT论文与基准 · 全球
3,300 万正常人类细胞预训练，数据主要来自 CELLxGENE
xTrimo / xTrimoPGLM论文与基准 · 中国
100B 参数蛋白语言模型，约 9.4 亿序列，百图生科