湿实验真值数据生产
一句话结论
- 湿实验真值已出现"按设计 / 按测定"的公开标价:Adaptyv Bio 官网起价 $149/蛋白(含 2 次重复,标准周期 3 周)[1];Ginkgo ADME-One 为 $199/panel(5 项,公司口径)[2];Twist Bioscience 在电话会上口头给出抗体数据 $300–400/个 [3]。结构生物学、扰动图谱、表型成像仍是项目制或捐赠制,无公开单价。
- 付费方分四类:模型公司(Anthropic 蛋白 binder 实验 在 Adaptyv Bio 与 Twist Bioscience 验证 1,320 个设计 [4][5])、药企联盟(JUMP-Cell Painting:10 家药企 + 6 家技术公司 + 2 家非营利 [6])、政府(OpenBind:英国 DSIT 最高 £8m,目标 5 年 >50 万蛋白-配体结构 [8])、风险资本补贴(Tahoe Therapeutics $30M A 轮,目标 10 亿细胞 [9])。
- 最大的公开真值资产是"一次造、长期用"的扰动与成像库:Tahoe-100M(约 1 亿细胞、约 6 万条件、CC0)[10][11];JUMP-Cell Painting(约 14 万扰动、约 16 亿细胞图像)[6];Perturb-seq(Replogle 2022)(Replogle 2022,>250 万细胞)[12];Xaira X-Atlas/Orion(约 800 万细胞)[13]。
- Anthropic 的 binder 实验:1,320 设计 / 354 个结合 = 26.8%;验证美元花费未披露,只披露 H100 小时(多靶点最多 12,500、单靶最多 2,500/靶)[4]。按 Adaptyv 标价外推,仅结合读出约 $19.7 万(推算);算力按 $4/H100·h 推算为同一量级。
- 阴性数据是稀缺点,正在被平台化(Proteinbase,2025-10 上线,明确收阴性结果 [14]);数据所有权条款(FTE 归客户、MSA 禁二次使用)未查到公开合同文本。
生产方式
按读出类型分,通量与单位成本差异极大,且每种读出基本绑定一种仪器与一种表达/建库流程。
蛋白结合与功能(binder / 抗体)
- Adaptyv Bio:无细胞表达 + 纳升流控芯片上的结合测定;binding 提供 Screening 与 Full Affinity 两档分辨率,另有 Expression、Thermostability;标准 3 周,"Prime"最快 3 天(私测)[1]。Anthropic 案例使用 SPR 亲和力表征(5 个浓度、双重复),表达成功率 95%(公司口径)[5]。官网通量计数器未渲染,通量数字未查到一手。
- Twist Bioscience:HEK293 表达 IgG/Fc 融合 + 高通量 SPR;"6,000+ IgG/周、最快 15 天"为二手 ⚠️。Anthropic 报告称 Adaptyv 与 Twist 独立生产并测试设计 [4]。
- Ginkgo Datapoints:重心在可开发性(developability)、ADME、组学,而非 binder 筛选;Ginkgo ADME-One 与 Tangible Scientific(化合物管理)、Inductive Bio(人体 PK 预测)联合,在 Boston 实验室运行 [2]。
- 自用数据工厂:Absci 公司口径"每周可验证约 280 万个独特 AI 设计"(2023 投资者材料)[15];Nabla Bio、Generate Biomedicines 自建实验室通量未查到一手。
- OpenBind:自动化化学 + 高通量 X 射线晶体学(Diamond Light Source),目标 5 年 >50 万蛋白-配体结构,约为过去 50 年公开数据的 20 倍(项目方口径)[8]。首批数据 2026-05 发布:EV-A71 靶点,925 个晶体结合事件、699 个化合物,601 个有亲和力数据,附 OpenBind v1 模型 [16]。
扰动与单细胞图谱
- Tahoe-100M:Parse GigaLab 组合条形码建库 + Ultima Genomics UG100 测序,湿实验部分约 1 个月 [11]。1 亿细胞、约 6 万条件、50 个癌细胞系;药物数各源不一致 ⚠️(1,100 / 1,200 / Parse 海报 379)[10][11][17]。
- Parse 10M PBMC:12 个供体 × 90 种细胞因子,约 1,000 万细胞,单次实验;官方称单次最多覆盖 1,152 个样本 [18]。
- Perturb-seq(Replogle 2022):CRISPRi 全表达基因,K562 与 RPE1,>250 万细胞,Cell 185:2559 [12]。
- Xaira X-Atlas/Orion(Xaira Therapeutics):FiCS Perturb-seq(基于 10x Chromium),约 800 万细胞,覆盖所有人类蛋白编码基因,每细胞 >16,000 UMI,figshare 公开,公司口径 [13]。
- Arc Virtual Cell Challenge(Arc Institute,2025):H1 hESC,300 个 CRISPRi 扰动,约 30 万细胞,每扰动约 1,000 细胞;训练 150 / 验证 50 / 测试 100;奖金 100k/50k/$25k。2026 年版改为跨细胞系零样本 [19]。
- CZI Billion Cells Project(Chan Zuckerberg Biohub):2025-02-06 宣布,10x Genomics GEM-X + Ultima Genomics UG100,目标 10 亿细胞、含遗传扰动图谱 [20];进度未查到。
- 10x Flex Apex 的"每周 384 样本 / 1 亿细胞、每细胞约 $0.01"为转述的公司宣称,未复核 ⚠️。
表型成像
- Recursion:公司口径"最高可达每周 220 万次实验、1,620 万张多时间点明场图像(135 TB)"(FY2024 业绩稿);FY2025 稿措辞改为"每周数百万次" [21]。">50 PB 专有数据"在官方来源未找到 ⚠️。
- RxRx 数据集(RxRx3-core 等):RxRx3-core 18 GB,222,601 张图像,736 个 CRISPR 敲除 + 1,674 个化合物(8 个浓度),自报下载 >6,000 次 [22]。
- JUMP-Cell Painting:116,753 小分子 + 15,142 ORF + 7,977 CRISPR,放在 AWS Cell Painting Gallery(cpg0016),13 个数据产出站点;官方新闻页提示 QC 未完成、部分重复缺失 [6]。
ADME 与化学
- Ginkgo ADME-One:5 项(微粒体稳定性、细胞渗透性、动力学溶解度、CYP 抑制、血浆蛋白结合)$199/panel;公司对比西方 CRO $2,000–5,000、中国 $1,000–2,500(管理层电话会口径,新闻稿本身无数字)[2]。
- Enamine 单项价:某捷克公共合同报价肝微粒体稳定性人源 170 / 大鼠 160(每化合物,非公开牌价,币种按合同原文),周期 2–3 周 [23]。药明康德 WuXi AppTec、insitro 公开价未查到。
- ASAP-Polaris-OpenADMET 盲测:poses、potency、ADMET 三个子挑战;靶点 SARS-CoV-2 与 MERS-CoV 主蛋白酶;参赛规模各源不一(66 队 / 381 次提交);原始数据在 Zenodo [24]。
- CACHE Challenges #1(LRRK2 WDR 域):23 个计算团队、1,955 个预测分子,73 个 SPR 结合(KD <150 μM),第二轮 7 个化学系列经正交方法确认,亲和力 18–140 μM [25]。
类器官、芯片、动物
- Axiom Bio:人原代肝细胞筛选 >11.5 万个小分子(后续发布称 13 万);公司口径肝毒模型敏感度约 70–75%、安全分子准确度约 90%,$100–450/化合物 vs 物理实验 3, 000–15, 000;15M 种子轮 [26]。
- Vivodyne:2025-05 宣布 $40M A 轮(Khosla 领投),在建 2.3 万 sf 机器人实验室;"两周内自动生长并测试 >10 万个人体组织"为投资方口径 [27]。
- Emulate:2026-09-09 提交 Human Liver-Chip 完整 ISTAND 资质包,进入最后阶段,尚未获批 [28]。
- 昭衍 / 药明 NHP 数据、临床与真实世界数据按次不可买,本章不展开。
厂商与渠道
"谁付费"指数据生产的出资方,"数据归属"指公开材料能确认的归属;未写明处一律标"未查到"。
中国
| 名称 | 国家 | 类型 | 规模口径 | 谁付费 | 数据归属 | 客户 | 融资 | 来源 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 百奥赛图 Biocytogen 百奥赛图(2315.HK) | 中国 | 全人抗体小鼠 + RenSuper AI 平台(2026-05 上线) | 约 1,200 靶点已评估;可核"货架"约 100 万条抗体序列 | 药企 / AI 公司(授权) | 授权条款未查到,境外授权条款未公开 | 全球药企、AI 公司 | 港股上市;2026H1 预告收入 9.36 亿元(约 $1.32 亿,按 7.1 换算) | [29][30] |
| 晶泰控股 XtalPi 晶泰科技(2228.HK) | 中国 | 机器人实验室 + AI4S 服务 | 2026H1 收入 3.936 亿元;AI4S 智能解决方案 1.935 亿元(+136.4%) | 药企(管线合作) | 未查到 | DoveTree 等 | 上市;DoveTree 首付 $5,100 万、第二笔 $1,900 万 | [31] |
| 药明康德 WuXi AppTec 药明系 | 中国 | CRDMO,ADME/DMPK/毒理外包 | AI 数据服务专项收入未查到 | 药企 | 未查到 | 药企 | 上市 | 无一手来源 |
| 金斯瑞 GenScript 金斯瑞 | 中国 | 基因合成、蛋白/抗体服务、AIDD | AIDD 收入 ⚠️ 未核到 | 药企 / AI 公司 | 未查到 | 药企 | 上市 | 未复核 |
美国、瑞士与全球
| 名称 | 国家 | 类型 | 规模口径 | 谁付费 | 数据归属 | 客户 | 融资 | 来源 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Adaptyv Bio | 瑞士 | binder 验证、API、Proteinbase、竞赛 | 起价 $149/蛋白;EGFR 竞赛 >1,800 设计提交、601 个表征 | 模型公司、AI 初创、药企(现金按次) | 订单数据归属未公开;Proteinbase 与竞赛数据公开 | Anthropic、Boltz 等(部分二手) | A 轮 $40M(Highland Europe 领投,2026-08),累计约 $4,800 万;媒体口径 | [1][14][32][33] |
| Twist Bioscience | 美国 | DNA 合成、抗体/蛋白表征 | FQ3'26 收入 $118.4M(+23%);DNA 合成与蛋白板块 $56.6M(+39%);AI 业务不单列 | AI 药物发现公司(按报价) | 未查到 | AI 药物发现公司、AWS 湿实验伙伴 | 上市 | [3][34] |
| Ginkgo Datapoints | 美国 | ADME-One、可开发性、AbDev 联盟 | Ginkgo 2026Q1 收入约 $19M(-49%) | 药企联盟、AI 公司 | 联盟成员"保留完全所有权与控制"仅指联邦计算;Datapoints 二次使用权未公开 | 药企、AI 公司 | 上市公司分部 | [2][7][35] |
| Tahoe Therapeutics | 美国 | 扰动数据集 | $30M A 轮造 10 亿细胞 | 风险资本补贴;计划由一家药企或 AI 伙伴独占新数据集 | 已发布 Tahoe-100M 为 CC0;新数据集拟独占 | 计划中 | 2022 种子轮 $12M;A 轮 $30M(Amplify 领投);总融资与估值各源冲突 | [9] |
| Arc Institute | 美国 | Arc Virtual Cell Atlas、挑战赛 | >3 亿细胞(含 scBaseCount >2 亿,21 物种) | 非营利 / 慈善 | 公开;具体许可页面未写明 | 学术、模型方 | 非营利 | [10][19] |
| Xaira Therapeutics | 美国 | Xaira X-Atlas/Orion | 约 800 万细胞 | 公司自费 | 公开(figshare) | 公开 | — | [13] |
| Chan Zuckerberg Biohub | 美国 | CZI Billion Cells Project | 目标 10 亿细胞 | 慈善 | 公开 | 学术 | 慈善 | [20] |
| Parse Biosciences | 美国 | Parse GigaLab 建库服务 | 单次最多 1,152 样本 | 数据集委托方 | 取决于委托方 | Tahoe 等 | — | [18] |
| Recursion | 美国 | 自建表型平台、RxRx 开源 | 最高 220 万实验/周(公司口径) | 自费 + 合作药企 | 大部分专有;RxRx3-core 开源 | 自用 + 药企 | 上市 | [21][22] |
| Axiom Bio | 美国 | 肝毒数据与模型 | >11.5 万–13 万化合物 | 药企 | 已发布 13 万化合物数据集 | 药企 | $15M 种子轮 | [26] |
| Vivodyne | 美国 | 机器人人体组织测试 | 投资方口径 >10 万组织/两周 | 药企 | 未查到 | 药企 | $40M A 轮 | [27] |
| Emulate | 美国 | Organ-Chip | ISTAND 最后阶段 | 药企、FDA 资质 | 未查到 | 药企 | 累计融资未复核 ⚠️ | [28] |
| Absci | 美国 | 自建抗体数据工厂 | 公司口径约 280 万设计/周 | 自费 | 专有 | 自用 + 合作 | 上市 | [15] |
开源与公共
| 名称 | 国家 | 类型 | 规模口径 | 谁付费 | 数据归属 | 客户 | 融资 | 来源 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| OpenBind | 英国 | 蛋白-配体结构 + 亲和力 | 目标 >50 万 / 5 年;首批 925 结合事件 | 政府(DSIT) | 首批开放;后续批次许可未查到 | 公开 | DSIT 最高 £8m 初始;与 Align to Innovate 的隶属关系未核到,两卡互见 | [8][16] |
| JUMP-Cell Painting(Broad) | 美国 | Cell Painting | 约 14 万扰动;约 16 亿细胞 | 药企联盟 | 公开(AWS Cell Painting Gallery) | 公开 | 10 药企 + 6 技术公司 + 2 非营利 | [6] |
| CACHE Challenges | 加拿大 / 国际 | 命中发现盲测 | LRRK2 第 1 轮 1,955 分子 | 未查到 | 公开 | 公开 | 未查到 | [25] |
| Polaris / ASAP / OpenADMET | 国际 | 盲测与基准 | 见上文 | 政府(OpenADMET 为 ARPA-H 资助) | Zenodo 公开 | 公开 | ARPA-H | [24] |
| Proteinbase / BenchBB | 瑞士 | 设计 + 实验数据库 | 初始 >1,000 蛋白 | Adaptyv Bio 自费 | 公开,含阴性结果 | 公开 | Adaptyv | [14][33] |
应用方式
真值在配方里占比极小,但微调与评测权重高。 主流基座模型的训练配方几乎不含私有湿实验真值:Boltz-2 亲和力表为约 120 万公共库结合物,无商业数据;自带扰动数据的反例是 Tahoe-x1,其预训练细胞中含自家 Tahoe-100M,但该数据集已开源(配方细表见 模型训练数据配方)。真值的作用集中在三处:
- 评测(最主要):Adaptyv 蛋白设计竞赛 的 EGFR 竞赛(2024)>1,800 设计提交,601 个表征;round 1 约 3%、round 2 约 13% 命中(命中 = KD ≤10 μM),冠军 1.21 nM vs 西妥昔单抗 9.94 nM [32]。Adaptyv 另自报 round 1 "53/378 = 14%",分母不同 [32]。Nipah 竞赛(2026-01)命中率各社交媒体口径 8–9.6%,仅社交媒体来源 ⚠️ [33]。RBX1 竞赛:245 个 de novo 设计中 9 个结合 [5]。
- 模型验证与 reward(闭环):Anthropic 蛋白 binder 实验:16 靶点选取、15 报告,30 设计/靶,共 1,320 设计、354 个结合(26.8%),14/15 靶点有结合;技术报告分组口径为单靶点 35.1%、多靶点 26.7%(Mythos Preview);MBP 0/90;报告称行业典型 10–15%;提示词、复合物模型和实验数据发布于 Hugging Face [4][5]。局限:未做生物活性测试,无复合物结构,结合姿态均为计算预测 [4][36]。
- 预训练与微调数据:Tahoe-100M、scBaseCount、Perturb-seq(Replogle 2022)、Xaira X-Atlas/Orion 用于虚拟细胞模型训练与基准;Arc 挑战赛以 H1 小数据集评测(训练 150 基因)[19]。OpenBind 数据用于训练结合亲和力模型(OpenBind v1),Isomorphic、Astex、Genentech、Chai 均为"将参与投资讨论",未确认出资 [8][16]。
- 自主实验室闭环:Ginkgo × OpenAI 自主实验室:GPT-5 + Ginkgo 云实验室,6 轮、36,000+ 反应组合、580 块板,无细胞蛋白合成试剂成本较 SOTA 降 40%(OpenAI 稿另报试剂成本改善 57%、产量 +27%,口径不同);发表形式各源不一,宜写"预印本" [37]。闭环机制见 验证闭环与自驱实验室回流。
- 代表论文:Replogle et al., Cell 2022 [12];Tahoe-100M bioRxiv 10.1101/2025.02.20.639398 [11];JUMP-CP bioRxiv 2023.03.23.534023 [6];Adaptyv EGFR bioRxiv 2025.04.17.648362 [32];Xaira bioRxiv 2025.06.11.659105 [13];RxRx3-core arXiv 2503.20158 [22]。
规模、成本与价格
单价表
| 项目 | 价格 | 口径 | 来源 |
|---|---|---|---|
| Adaptyv binding | 起价 $149/蛋白,含 2 次重复,标准 3 周(2026-10-15) | 官网现行标价 | [1] |
| Adaptyv 早期价 | $99–169 | 2025 年报道价 ⚠️,/pricing 页已 404,不作现行价 | 未复核 |
| Ginkgo ADME-One | $199/panel(5 项) | 公司口径(电话会) | [2] |
| 西方 CRO 同类 panel | $2,000–5,000 | Ginkgo 对比口径 | [2] |
| 中国 CRO 同类 | $1,000–2,500(约 7,100–17,750 元,按 7.1 换算) | Ginkgo 对比口径 | [2] |
| Twist 抗体数据 | $50 片段 / $100 克隆基因 / $200+ 抗体表达 / $300–400 数据 | CEO 电话会口头 | [3] |
| Enamine 肝微粒体稳定性 | 人源 170 / 大鼠 160(每化合物,币种按合同原文) | 公共合同报价 | [23] |
| Axiom Bio 肝毒预测 | $100–450/化合物(物理实验 $3,000–15,000) | 公司口径 | [26] |
| 单次端到端 campaign | "几千美元的 AI token、云算力和湿实验额度" | Adaptyv 案例估算 | [5] |
更多跨层价格对照见 价格、成本与配比 与 每数据点成本、真值与仿真成本比。
规模
| 数据集 | 规模 | 来源 |
|---|---|---|
| Tahoe-100M | 约 1 亿细胞、约 6 万条件 | [10] |
| Arc Virtual Cell Atlas | >3 亿细胞(含 scBaseCount >2 亿) | [10] |
| JUMP-Cell Painting | 116,753 小分子 + 15,142 ORF + 7,977 CRISPR;约 16 亿细胞、115 TB | [6] |
| Xaira X-Atlas/Orion | 约 800 万细胞 | [13] |
| RxRx 数据集(RxRx3-core 等) RxRx3-core | 222,601 张图像 | [22] |
| OpenBind 首批 | 925 结合事件(目标 >50 万) | [8][16] |
单细胞与单数据点成本
- Tahoe-100M、JUMP-CP 的建造总成本未查到。Tahoe 为造数据融 $30M,但该笔资金不等于单个数据集成本 [9]。
湿实验与算力的比例
- Anthropic 只披露 GPU 小时(多靶点最多 12,500 H100 小时 / 48h,单靶最多 2,500 H100 小时 / 靶 / 24h),无美元数,湿实验成本未披露 [4]。
- 美元换算一律为推算:按 $4/H100·h 推算,披露的上限 GPU 小时合计约 $29 万;1,320 个设计按 Adaptyv 标价 $149 外推约 $19.7 万(仅结合读出,且设计由两家 CRO 分担)。即 binder 筛选这一段,湿实验与算力在同一数量级。
- 功能活性与动物阶段的湿实验显著更贵,但目前无一手数字,本章不引用。
付费方与交易形态
| 类型 | 先例 | 说明 | 来源 |
|---|---|---|---|
| 现金按次采购 | Adaptyv 标价、Ginkgo ADME-One、Twist 按报价 | 模型公司 / AI 初创直接买 | [1][2][3] |
| 药企联盟共建 | JUMP-Cell Painting;Ginkgo × Apheris AbDev 联盟 | 成员出数据 / 出钱,成果共享或联邦;AbDev 已确认 Ginkgo 主导、Apheris 联邦计算、2026 年发布首批数据集与模型 | [6][7] |
| 政府资助开放数据 | OpenBind(DSIT 最高 £8m);OpenADMET(ARPA-H);CACHE Challenges | 开放发布 | [8][24] |
| 基金会 / 慈善 | CZI Billion Cells Project | 开放发布 | [20] |
| 风投补贴 + 独占授权 | Tahoe Therapeutics | 计划选一家药企或 AI 伙伴获取新数据集 | [9] |
| 现金采购生物训练数据(公开先例) | Recursion ← Tempus AI(2026-09 改为 3 年 4, 200万);Tempus → AstraZeneca/Pathos(2 亿数据授权 + 模型) | 现有公开先例仅此;查到的开源 / 学术模型无一公开采购商业数据。机器人侧有采购清单,生物侧没有 | 未查到更多公开先例 |
| 数据换权益 / 非现金 | 未查到明确"数据换股权"的公开合同先例 | — | 未查到 |
| 里程碑 / 首付型 | 晶泰控股 XtalPi–DoveTree:首付 $5,100 万 + 第二笔 $1,900 万 | 属管线合作,非纯数据采购 | [31] |
局限与争议
- 数据所有权条款:FTE 合同数据归客户、MSA 禁二次使用等条款,公开合同文本未查到。Ginkgo Datapoints 是否保留二次使用权公开材料未给出("streamlined deal structure"仅为营销语);Ginkgo × Apheris 联盟"成员保留完全所有权与控制"仅对联邦计算基础设施成立 [7]。条款对照见 数据所有权条款。
- 阴性数据缺失:多数 CRO 与课题组只留成功数据(行业口述,无公开文本,⚠️);Proteinbase 明确以收集含阴性结果的数据为目的 [14];Anthropic 报告公布了 MBP 0/90 的失败 [4]。系统性论述见 阴性数据。
- 通量与时延:Adaptyv 标准周期 3 周、Prime 最快 3 天仍为私测 [1];OpenBind 目标 5 年才到 50 万结构,首批仅 925 个事件 [8][16];一轮设计-测试-学习的节拍受制于湿实验周期,见 DMTA 循环。
- 数据换权益 vs 现金:现金按次采购有标价(Adaptyv、Ginkgo、Twist),而独占授权(Tahoe 拟选一家伙伴)、联盟共建(JUMP-CP)、里程碑首付(XtalPi)都把数据与权益捆绑;纯"数据换股权"先例未查到。Tahoe Therapeutics 一边开源 CC0 数据集、一边把新数据集留给单一伙伴,说明开放与独占并存。
- 命中率定义不统一:Adaptyv EGFR round 1 同时存在 14%(53/378 已表达)与约 3%(含未表达分母)两种说法 [32];Anthropic 26.8% 是全量设计比,只取每骨架最优序列为 24.7%(200 个,二次报道口径)[36]。与行业"10–15%"的比较,设计数、靶点难度、命中阈值(KD ≤10 μM 等)并不一致。
- 只验证结合,不验证功能:Anthropic 报告无生物活性、无复合物结构 [4][36]。
- 弱结合的真实难度:CACHE Challenges #1 的 73 个命中 KD <150 μM,最佳系列 18–140 μM [25]。
- 小而贵 vs 大而浅:Arc 挑战赛训练集仅 150 个扰动、每扰动约 1,000 细胞,模型难泛化,所以 2026 年改为零样本跨细胞系 [19]。
- 数据集互不可比:Tahoe-100M 药物数 1,100 / 1,200 / 379 口径冲突 ⚠️ [10][11][17];JUMP-Cell Painting 的 QC 与缺失重复 [6]。
- 公司口径多:Recursion 通量、Absci 通量、Axiom Bio 灵敏度、Vivodyne 规模、Adaptyv 融资与客户均为公司或投资方口径,缺独立验证。
- 监管:器官芯片尚无一款在 ISTAND 完成资质认定;Emulate 刚提交完整包 [28]。
- 许可:Tahoe-100M 为 CC0(搜索摘要)[10];Arc 页面未写明具体许可;OpenBind 后续批次许可未查到。
- 数据主权与出口:百奥赛图 Biocytogen 的抗体序列"货架"如何授权给境外 AI 公司,未查到公开条款。
口径冲突与未核实
| 说法 A | 说法 B | 采信 | 原因 |
|---|---|---|---|
| JUMP-CP "1.36 亿张图像" | "136,000 个扰动" + 估计 1.6B 细胞、115 TB | 约 14 万扰动、约 16 亿细胞 | 一手来源(Broad)无"1.36 亿张" [6] |
| 湿实验成本是算力的数倍 | Anthropic 原文无美元数、无比值 | 不采用;写"binder 验证与算力同量级,功能 / 动物阶段更贵(估算)" | 无一手来源;按标价外推结合读出与算力同量级 [4][1] |
| Adaptyv 用 BLI | Anthropic 案例页明确为 SPR(5 浓度、双重复) | 不写死方法 | 筛选档与 Full Affinity 档方法可能不同 [5][1] |
| Adaptyv $99 / $169 / $49 分级价 | 官网现行 $149 起,含 2 次重复 | $149 | 官网现行;其余为早期报道价 ⚠️,/pricing 已 404 [1] |
| Anthropic 15 靶点 | 实际选取 16 个,GDF-8 因测量质量被排除 | 16 选 / 15 报告 | 官方页 [4][5] |
| Anthropic 26.8% | 26.7%(多靶点)与 35.1%(单靶点) | 26.8% 为总体;后两者为技术报告分组 | 同一实验的不同切分 [4] |
| Anthropic 计算花费 $290k | 官方只给 H100 小时 | 仅写 H100 小时;美元标"按 $4/H100·h 推算" | 美元为推算 [4] |
| top-1 49% / 194 个 <100 nM 等细节 | 官方页未复现 | 不引用;仅写"至少 6 个靶点出现 KD <10 nM 结合物" | 无法在官方页核到 [4][5] |
| Recursion ">50 PB" | 官方仅 135 TB 与"最高 220 万实验/周" | 官方口径 | FY2025 稿措辞弱化 [21] |
| 百奥赛图 ">1 亿条序列" | "货架超 100 万条、约 1,200 靶点" | 约 100 万条 | 半年报原文待回查 [29][30] |
| 晶泰 2026H1 收入同比下降 | 剔除去年同期 $5,100 万首付后增长 73.8% | 收入 3.936 亿元;下降来自基数效应 | 公告摘要 [31] |
| Ginkgo 成本降 40% | OpenAI 稿"试剂成本改善 57%" | 并列,注明口径(总成本 vs 试剂) | 口径不同 [37] |
| OpenAI Foundation $40M 用于造扰动数据 | 实际报道为 UNC 癌症疫苗 / 临床数据用途 | 不列入真值数据付费先例 | 与扰动数据无关联 [38] |
| Tahoe 融资 $42M / $120M | $72M | A 轮 $30M 成立;总融资与估值不写 | 各源冲突 [9] |
| Adaptyv 融资 $5,120 万 | A 轮 $40M,累计约 $4,800 万 | $4,800 万 | 多源确认 A 轮;日期各报道 17–28 日不一 [9][33] |
| OpenBind 仅为计划 | 已发布首批 925 结合事件(2026-05) | 已发布 | [16] |
| Align to Innovate 属 OpenBind | 未核到 | 两卡互见并注明未核到 | 一手来源缺失 |
来源
访问日期均为 2026-10-15。
- https://www.adaptyvbio.com (官网定价)
- https://www.biospace.com/press-releases/ginkgo-datapoints-tangible-scientific-and-inductive-bio-launch-adme-one-a-high-throughput-adme-platform-that-brings-pharmacokinetic-projection-earlier-in-drug-discovery ;https://www.marketbeat.com/instant-alerts/ginkgo-bioworks-q2-earnings-call-highlights-2026-08-07/
- https://www.genomeweb.com/business-news/twist-bioscience-fiscal-q3-revenue-grows-23-percent-firm-projects-boost-ai-drug ;https://www.fool.com/earnings/call-transcripts/2026/02/02/twist-bioscience-q1-2026-earnings-call-transcript/
- https://anthropic.com/research/Claude-accelerates-protein-design
- https://adaptyvbio.substack.com/p/case-study-benchmarking-claudes-protein
- https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.23.534023.full.pdf ;https://jump-cellpainting.broadinstitute.org/news/data-release-manuscript-biorxiv
- https://www.biospace.com/press-releases/ginkgo-datapoints-and-apheris-launch-antibody-developability-consortium
- https://htworld.co.uk/?p=41424 ;https://www.diamond.ac.uk/Science/Collaborations/openbind.html
- https://genomeweb.com/business-news/tahoe-therapeutics-raises-30m-build-billion-cell-dataset-training-ai ;https://sacra.com/c/tahoe-therapeutics
- https://arcinstitute.org/news/arc-virtual-cell-atlas-launch
- https://www.parsebiosciences.com/webinars/generating-a-100m-cell-atlas-for-ai-powered-drug-discovery/ ;https://www.biopharmatrend.com/post/1152-vevo-therapeutics-open-sources-largest-single-cell-dataset-with-arc-institute/
- https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.16.473013.full.pdf ;https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/9380471
- https://www.biopharmatrend.com/news/xaira-publishes-largest-public-perturb-seq-atlas-to-advance-virtual-cell-modeling-1298/ ;https://www.genengnews.com/topics/artificial-intelligence/xaira-therapeutics-releases-largest-perturb-seq-dataset-to-power-the-virtual-cell/
- https://www.biopole.ch/?p=12847
- https://investors.absci.com/node/8651/html ;https://www.absci.com/?p=132333
- https://www.ox.ac.uk/news/2026-05-12-openbind-releases-first-open-dataset-and-ai-model-for-drug-discovery ;https://www.diamond.ac.uk/default/Home/News/LatestNews/2026/OpenBind-s-first-data-and-model-release-marks-a-milestone-for-AI-enabled-drug-discovery.html
- https://resources.parsebiosciences.com/poster-unleashing-the-power-of-ai-driven-drug-discovery-with-a-100-million-single-cell-atlas
- https://www.parsebiosciences.com/datasets/10-million-human-pbmcs-in-a-single-experiment/
- https://www.biopharmatrend.com/news/arc-institute-launches-virtual-cell-challenge-1307/ ;https://arcinstitute.org/news/virtual-cell-challenge-2025 ;https://runtimewire.com/article/arc-institute-2026-virtual-cell-challenge-zero-shot
- https://investors.10xgenomics.com/news/news-details/2025/Chan-Zuckerberg-Initiative-Launches-Billion-Cells-Project-with-10x-Genomics-and-Ultima-Genomics-to-Advance-AI-in-Biology-2025-TybuZlLBXI/default.aspx ;https://biohub.org/news/billion-cells-project-launches-advance-ai-biology/
- https://www.1stoncology.com/blog/?p=101644 (Recursion FY2024 业绩稿转载);https://www.1stoncology.com/blog/?p=108939 (FY2025)
- https://recursion.com/news/accelerating-ai-drug-discovery-with-open-source-datasets ;https://arxiv.org/abs/2503.20158v2
- https://smlouvy.gov.cz/smlouva/soubor/30483967/91.909-23-potvrzeni_Redigov_no.pdf
- https://zenodo.org/records/15582067 ;https://huggingface.co/datasets/scikit-fingerprints/ASAP_OpenADMET_LogD/blob/main/README.md
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35783295/ ;https://conscience.ca/frequently-asked-questions-cache-challenges/
- https://www.biopharmatrend.com/news/axiom-bio-seed-funding-ai-drug-toxicity-1219/ ;https://www.biopharmatrend.com/news/axiom-bio-releases-human-liver-toxicity-dataset-with-130000-compounds-to-advance-ai-based-toxicity-prediction-1299/
- https://www.biospace.com/press-releases/vivodyne-to-replace-animal-testing-with-40-million-funding-to-reverse-95-clinical-trial-failure-rate
- https://www.pharmaceuticalonline.com/doc/emulate-enters-final-stage-of-fda-istand-program-for-human-liver-chip-with-submission-of-qualification-package-covering-both-zo-and-ava-organ-chip-platforms-0001
- https://m.gelonghui.com/news/5247335
- https://biocytogen.com/blogs/rensuper-biologics-AI-antibody-drug-discovery (搜索摘要,直接抓取 403);https://stock.10jqka.com.cn/20260807/c678737107.shtml
- https://tirto.id/xtalpi-holdings-announces-2026-interim-results-hBvU ;https://filingreader.com/news-wire/hongkong/2026-08-19/xtalpi-posts-first-half-loss-despite-revenue-growth
- https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.04.17.648362.full.pdf ;https://adaptyvbio.substack.com/p/protein-design-competition-results
- https://adaptyvbio.substack.com/p/introducing-benchbb-and-the-community ;https://aiunderstanding.org/news/wowtale-reports-adaptyv-bio-raised-40-million-to-automate-validation-of-ai-designe
- https://www.marketbeat.com/instant-alerts/twist-bioscience-q3-earnings-call-highlights-2026-08-03/
- https://longbridge.com/news/285611238
- https://aiweekly.co/alerts/anthropic-says-claude-designed-binders-against-14-of-15-protein-targets-beating ;https://runtimewire.com/article/anthropic-claude-autonomous-protein-binder-design
- https://openai.com/index/gpt-5-lowers-protein-synthesis-cost ;https://www.barchart.com/story/news/54531/ginkgo-bioworks-autonomous-laboratory-driven-by-openai-s-gpt-5-achieves-40-improvement-over-state-of-the-art-scientific-benchmark
- https://oncodaily.com/voices/robert-ferris-586997 ;https://letsdatascience.com/news/openai-foundation-awards-405-million-grants-45be113b
本章涉及的实体
A-Alpha Bio公司与机构 · 美国
酵母展示加测序的高通量蛋白互作测定(AlphaSeq)服务商
Adaptyv Bio公司与机构 · 瑞士
按设计公开标价的蛋白 binder 验证服务,运营 Proteinbase 与竞赛
Align to Innovate公司与机构 · 全球
机构信息待核;与 OpenBind 的关系未核到
Arc Institute公司与机构 · 美国
美国非营利生物医学研究所,运营虚拟细胞图谱与挑战赛
Axiom Bio公司与机构 · 美国
用人原代肝细胞筛选的肝毒数据与模型公司
Emulate公司与机构 · 美国
Organ-Chip 公司,Liver-Chip 提交 FDA ISTAND 完整资质包
Enamine公司与机构 · 欧洲
按需合成化合物空间 REAL 的供应商,CACHE 等竞赛的化合物来源
Ginkgo ADME-One公司与机构 · 美国
Ginkgo Datapoints 的五项 ADME 套餐,$199/panel
Ginkgo Datapoints公司与机构 · 美国
Ginkgo 面向 AI 的数据生产业务,含 ADME-One 与抗体可开发性联盟
Nabla Bio公司与机构 · 美国
自建湿实验的 AI 抗体/蛋白设计公司,通量披露有限
Parse GigaLab公司与机构 · 美国
Parse Biosciences 的大规模单细胞建库服务,做出 Tahoe-100M
Recursion公司与机构 · 美国
自建表型成像平台的上市 AI 药企,向 Tempus 买数据并开源 RxRx
Tahoe Therapeutics公司与机构 · 美国
原 Vevo,造并开源 Tahoe-100M,目标 10 亿细胞
Vivodyne公司与机构 · 美国
机器人化人体组织测试平台,$40M A 轮
Xaira Therapeutics公司与机构 · 美国
2024 年 $10 亿启动的 AI 药物发现公司,公开 X-Atlas/Orion
insitro公司与机构 · 美国
机器学习加高通量细胞实验的药物发现公司,公开材料有限
百奥赛图 Biocytogen公司与机构 · 中国
全人抗体小鼠与抗体序列库,港股 2315.HK
药明康德 WuXi AppTec公司与机构 · 中国
中国 CRDMO 龙头,ADME/DMPK/毒理外包,处于 1260H 诉讼
Cell Painting概念与方法 · 全球
用多色荧光染料给细胞器染色并提取形态特征的高内涵成像法
数据所有权条款概念与方法
湿实验外包的数据归谁、能否二次使用,公开合同文本几乎查不到
Arc Virtual Cell Atlas数据集 · 美国
Arc 整合 scBaseCount 与 Tahoe-100M 的 3 亿+ 细胞公开图谱
BenchBB数据集 · 瑞士
Adaptyv 策划的 7 靶点 binder 设计湿实验基准
CZI Billion Cells Project数据集 · 美国
CZI 与 10x、Ultima 合作的 10 亿细胞计划,含遗传扰动图谱
JUMP-Cell Painting数据集 · 美国
Broad 牵头药企联盟的 Cell Painting 形态学库,约 14 万扰动
OpenBind数据集 · 英国
英国政府出资的开放蛋白-配体结构与亲和力数据联盟,已发布首批数据
Proteinbase数据集 · 瑞士
Adaptyv 运营的开放实测蛋白库,含计算预测与阴性结果
RxRx 数据集(RxRx3-core 等)数据集 · 美国
Recursion 开源的表型成像数据集,RxRx3-core 约 22 万图像
Tahoe-100M数据集 · 美国
约 1 亿细胞的药物扰动单细胞图谱,CC0,Arc 图谱首发数据
Xaira X-Atlas/Orion数据集 · 美国
Xaira 公开的 800 万细胞全基因组 Perturb-seq 数据集
scPerturb数据集 · 全球
44 个公开单细胞扰动数据集的统一整理
华大 CIMA 免疫细胞图谱数据集 · 中国
华大牵头的中国健康成人千万级循环免疫细胞多组学图谱
Perturb-seq(Replogle 2022)论文与基准 · 美国
首个基因组规模 CRISPRi Perturb-seq,>250 万细胞,Cell 2022
Polaris工具与格式 · 美国
药物发现基准平台及 ASAP-Polaris-OpenADMET 盲测挑战
本文为个人研究笔记,结论基于成文时可获得的公开信息;带〔估算〕〔推断〕或 ⚠️ 的数字未经独立核实。