JUMP-Cell Painting

数据集美国真值

Broad 牵头药企联盟的 Cell Painting 形态学库,约 14 万扰动

成立
2023
数据类型
Cell Painting 形态学图像
规模口径
约 14 万扰动,约 16 亿细胞,约 115 TB
链接
jump-cellpainting.broadinstitute.org

内容与规模

JUMP-CP(cpg0016)约 14 万扰动、约 16 亿细胞图像(Broad 口径):116,753 小分子、15,142 ORF、7,977 CRISPR 敲除,约 115 TB [1]。

生产方与付费

联盟由 10 家药企、6 家技术公司、2 家非营利构成,13 个站点产出数据 [1]。药企联盟共建、成果公开。

格式与 license

托管于 AWS Cell Painting Gallery。官方新闻页提示 QC 未完成、部分重复缺失 [1][2]。许可条款未逐条核 ⚠️。

哪些模型用

Recursion 的 OpenPhenom-S/16 在 RxRx3 与 JUMP-CP 共 300 万+ 显微图像上做掩码自编码预训练(见 RxRx 数据集(RxRx3-core 等)、Recursion)。

已知缺陷

各站点批次效应显著,QC 与缺失重复未完成;仅细胞形态读出,无功能终点。参见 数据泄漏(训练-测试泄漏)。

来源

  1. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.23.534023.full.pdf (2026-10-15)
  2. https://jump-cellpainting.broadinstitute.org/news/data-release-manuscript-biorxiv (2026-10-15)

卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”;⚠️ 为未经独立核实。