RNA-Puzzles

内容与规模

RNA-Puzzles 是 RNA 三维结构预测的社区盲测：由实验室在结构公开前提供未发表靶点，预测组提交模型后统一评估。站内 RNA 结构挑战一文指出，RNA-Puzzles 与 CASP16 最新一轮合计仅有 23 个 RNA 结构可作评测，规模远小于蛋白侧 [1][2]。

为什么重要

RNA 数据稀缺：Protein Data Bank (wwPDB) 中蛋白结构 233,272 个、RNA 结构仅 8,801 个（差近 70 倍）；人类基因组匹配的 795 个 Rfam 家族中仅 99 个有结构 [2]。CASP16 中全新 RNA 靶点 0/42 达到 TM-score >0.8，说明 RNA 结构预测远未解决；2025 年 Kaggle RNA 赛事最好成绩来自模板检索而非深度学习 [1]。AlphaFold3 在 75–79% 案例上 LDDT 超过专用 RNA 工具（二手）。

偏差与泄漏

靶点极少、家族重叠和模板泄漏是主要风险：训练集中的相似结构会抬高分数。站内方案建议题库带"首次公开披露精确时间戳"和反事实变体防泄漏，参见 CASP 与 数据泄漏（训练-测试泄漏）。

来源

1. 站内 rna-structure-challenge 页（引 CASP16 RNA 评估）
2. 站内 adaptyv-protein-binder 页 §04/§09/§10