BindingDB

内容与规模

BindingDB 收录小分子与蛋白靶点的结合亲和力（Ki、Kd、IC50 等）。NAR 2025 口径：290 万条测量、130 万个化合物；近年大量增长来自对美国专利的策展 [1]。

格式与 license

下载与许可条款未核，待复核 ⚠️。

哪些模型拿它训练或评测

Boltz-2 的亲和力训练表由 ChEMBL v34、BindingDB 与 PubChem 构成，约 120 万结合物，无 PDBbind、无商业数据 [2]。PDBbind / PDBbind+ 则是它的结构配对侧近亲：前者带复合物结构，BindingDB 多数条目无结构。

已知偏差与泄漏

专利来源的数据偏向药企关注的靶点和已申请专利的化学型，测定条件各异；与 ChEMBL 存在记录重叠，合并使用需去重，否则同一测量在训练与测试中重复出现，见 数据泄漏（训练-测试泄漏）。⚠️ 重叠比例未查到。

来源

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11701568/ (BindingDB in 2024，2026-10-15)
2. https://www.github.com/jwohlwend/boltz (2026-10-15)