PDBbind / PDBbind+

内容与规模

PDBbind 由中科院上海药物所王任小组维护，把 Protein Data Bank (wwPDB) 中的蛋白-配体复合物与文献亲和力配对。v2020 通用集约 19,443 个复合物（二手）[1]；PDBbind+ 为订阅制（供应商口径，价格未查到）[2]。

格式与 license

商业使用需订阅或授权。BioLiP 2025-01 称因许可问题移除了 24,809 条 PDBbind-CN 亲和力数据 [3]。

哪些模型拿它训练或评测

PDBbind/CASF 长期用于对接与亲和力评测。Boltz-2 并未把它当亲和力训练来源，仅在 MISATO 处理中用于配体匹配。

已知偏差与泄漏

core set 与训练集大量共享蛋白或配体，导致基准高估；CleanSplit 重新划分后顶级模型表现显著下降，部分模型去掉蛋白或配体信息后在 CASF 上仍有相近成绩，提示在记忆而非学习相互作用 [4]。更严格的划分见 PLINDER 与 PoseBusters，通论见 数据泄漏（训练-测试泄漏）。

来源

1. https://arxiv.org/abs/2308.09639v2 (2026-10-15)
2. https://www.targetmol.com/services/pdb (供应商页，二手，2026-10-15)
3. https://seq2fun.dcmb.med.umich.edu/BioLiP2/download.html (2026-10-15)
4. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC12552120/ (2026-10-15)