Cell Painting
用多色荧光染料给细胞器染色并提取形态特征的高内涵成像法
- 数据类型
- 细胞形态学图像；形态学特征向量
- 链接
- jump-cellpainting.broadinstitute.org
原理
Cell Painting 是一种形态学分析（morphological profiling）：用一组荧光染料给细胞核、内质网、线粒体、细胞骨架、高尔基体与质膜等多个细胞组分染色，成像后用图像分析软件（如 CellProfiler）为每个细胞提取上千维形态特征，再比较不同扰动之间的特征相似度。该方法由 Broad 研究所团队发展，染料数、通道数与特征数细节本次未回原论文复核，⚠️。
代表实现
JUMP-Cell Painting 是最大的公开实例：约 14 万扰动、约 16 亿细胞图像，由 10 家药企、6 家技术公司、2 家非营利构成的联盟生产 [1][2]。Recursion 在自有平台以同类形态学读出规模化筛选，称实验室每周最多处理 220 万个实验或样本 [3]；其公开数据集见 RxRx 数据集（RxRx3-core 等），公司见 Recursion。
局限
形态学是间接读出，不直接度量结合或功能终点；不同实验室、板位与批次产生显著批次效应；JUMP-CP 官方新闻页提示 QC 未完成、部分重复缺失 [2]。评测基准若与预训练共享板或化合物，会造成泄漏，见 数据泄漏（训练-测试泄漏）。
来源
相关卡片
卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”；⚠️ 为未经独立核实。