ENCODE
美国基因组调控元件百科全书，开放功能基因组学实验库
- 数据类型
- ChIP-seq；ATAC-seq；RNA-seq；染色质可及性；调控元件注释
- 规模口径
- 门户已释放 23,330 个实验（二手，来自门户论文）；另有 60,000+ 计算与整合分析结果
- License
- 联盟数据经门户无访问限制发布（二手）
- 链接
- www.encodeproject.org
内容与规模
ENCODE 系统测绘人类与小鼠基因组上的功能元件：转录因子结合、组蛋白修饰、染色质可及性、表达等。门户论文称 ENCODE 4 于 2022-12 结束，门户总计约 2.3 万个功能基因组学实验 [1][2]。门户官网本次抓取返回 403，数字取自论文（二手）。
格式与 license
数据以 FASTQ/BAM/bigWig/peak 等经门户及 API 提供，论文称联盟数据无访问限制 [1]；具体使用条款未核 ⚠️。
哪些模型拿它训练或评测
序列到功能的调控模型（Enformer 类与 AlphaGenome）以 ENCODE 轨道为训练监督的一部分（二手，未回原论文复核）。
已知偏差
细胞系占比高，原代组织与疾病状态覆盖有限；不同实验室批次与抗体质量差异大；以人类参考基因组为中心，个体遗传背景变异未体现。
来源
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卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”；⚠️ 为未经独立核实。