OpenFE / Schrödinger FEP 基准

内容与规模

Schrödinger 2023 公共基准集（Ross 等，Commun. Chem.）被 OpenFE 2024 行业基准复算：59 个体系、876 个配体、近 1,200 个变换、7,000+ 次计算；结论是 Schrödinger（FEP+ / Bunsen） 的 FEP+（逐体系调参）整体优于 OpenFE（默认设置）[1][2]。早期 Schrödinger JACS 集为 8 靶点 / 199 配体 / 330 变换；Hahn 等另一集 599 对——二者常被混淆。

真值来源与是否盲测

真值为文献与合作方已测的相对结合自由能，回顾式；公共集可被方法调参针对，不是盲测。

谁用它发布结果、运营方是否同时是服务商

复算由 OMSF/OpenFE 联盟（制药公司会员）执行，被比较方之一 Schrödinger 是商业软件商，另一方是开源工具，评测方与被评方部分重合。Boltz-2 开发者自报在 FEP 基准上 Pearson 0.62，属开发方自报、未独立核实 ⚠️。

缺陷

公共集与私有集难度不同（另有说法称 1.73 vs 2.44 kcal/mol，未回源 ⚠️）；"默认设置对调参"的比较不对等。

来源

1. https://omsf.substack.com/p/the-free-energy-of-everything-benchmarking-openfe (2026-10-15)
2. https://industrybenchmarks2024.readthedocs.io/en/latest/public/overview.html (2026-10-15)