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Perturb-seq（Replogle 2022）

论文与基准美国真值

首个基因组规模 CRISPRi Perturb-seq，>250 万细胞，Cell 2022

成立
2022
数据类型
CRISPRi 扰动单细胞转录组
规模口径
>250 万细胞，K562 与 RPE1
链接
www.biorxiv.org

内容与规模

Replogle 等，Cell 185:2559（2022）：对 K562 与 RPE1 细胞系以 CRISPRi 扰动全部表达基因，读出单细胞转录组，规模 >250 万细胞 [1][2]。预印本 bioRxiv 2021.12.16.473013。

格式与 license

数据公开，具体 license 未核 ⚠️。已被 scPerturb 等整理进统一格式。

哪些模型用

虚拟细胞模型（如 scGPT、Geneformer 的扰动预测评测）常以其作基准或训练数据；与 Xaira X-Atlas/Orion、Tahoe-100M 并列为三类主要公共扰动资源。

已知缺陷

仅两个细胞系，且为癌细胞系与永生化上皮细胞；CRISPRi 敲低而非敲除，效应强度依赖向导效率。其后同类大型数据在规模上已被 X-Atlas/Orion（800 万）超过。

来源

  1. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.16.473013.full.pdf (2026-10-15)
  2. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/9380471 (2026-10-15)

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卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”；⚠️ 为未经独立核实。