RFdiffusion / RFdiffusion2

模型与发布

Baker 组 2023 年发布 RFdiffusion（在 RoseTTAFold 上微调的扩散模型）；2025-04 发布 RFdiffusion2，改为流匹配并采用 RoseTTAFold All-Atom 架构 [1]。

训练数据配方

• 公共库：Protein Data Bank (wwPDB)，具体筛选未回源。
• 蒸馏合成：RFdiffusion2 训练用随机原子坐标 motif。
• 私有真值：无训练用私有数据；酶设计湿实验验证了逆羟醛缩合酶、半胱氨酸水解酶、锌水解酶。

数据供应方与许可

wwPDB；基准用 M-CSA 酶数据库。

已知问题与口径冲突

RFdiffusion2 在 41 个原子级 motif 酶设计基准上全部解出，前代 16 个；训练约 17 天、24 张 A100，均为博客转述（二手）[1]。

来源

1. https://www.ipd.uw.edu/2025/04/introducing-rfdiffusion2 (2026-10-15)