AnnData

定义

AnnData 是单细胞数据的标准内存与磁盘容器：表达矩阵加细胞与基因注释；磁盘格式为 h5ad（HDF5）与 Zarr（Zarr 细节未核）。属 scverse 项目，NumFOCUS 赞助；JOSS 9(101):4371，2024-09 发表 [1]。

代表实现与采用方

scverse 生态（Scanpy 等）的默认数据结构；公共单细胞资源与评测工具广泛以 h5ad 分发，如 CZ CELLxGENE Discover / Census、scPerturb、cz-benchmarks（具体各库的格式细节未逐一核对）。

局限

面向二维矩阵加注释，对多模态、图像、空间数据需配套扩展；元数据字段由使用者自定，跨数据集语义不统一，需配合 FAIR 原则 与 Croissant 元数据 之类的描述层。

来源

1. https://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.04371 (2026-10-15)