PLINDER

内容与规模

PLINDER 收录 449,383 个蛋白-配体体系，每体系 500+ 项注释，含蛋白、口袋、相互作用、配体四层相似度，以及 apo/预测结构配对 [1]。以 Python 包 plinder 分发 [2]。

真值来源与是否盲测

真值来自 Protein Data Bank (wwPDB) 已发布结构，属回顾式整理，不是盲测；价值在"怎么切分"而非"新测了什么"。

谁用它发布结果、运营方角色

作为训练/评测切分基准被用于重训 DiffDock 等模型，展示不同切分下性能差异 [1]。运营方信息（机构、经费）未核到，省略。

泄漏与缺陷

针对的正是 PDB ID 级切分的漏洞：用相互作用相似度而非仅 PDB ID 切分，以抑制近重复口袋泄漏 [1]，参见 数据泄漏（训练-测试泄漏）、PDBbind / PDBbind+ 的同类问题。自身仍为回顾式，不提供新的实验真值。

来源

1. https://www.biorxiv.org/node/3969495 (2026-10-15)
2. https://pypi.org/project/plinder/0.2.21/ (2026-10-15)