ATLAS

数据集仿真

蛋白动力学 MD 库,第一版 1,390 条链,每链 3×100 ns

内容与规模:ATLAS 第一版收录 1,390 条蛋白链,每链 3 次 100 ns 重复,300 K、TIP3P 水、150 mM NaCl [1]。页面 MD 小节另写 1,522,未解释差异;规模以 1,390 为准,常见的"约 2000 条"说法不成立。

算力成本与生成方式:GROMACS 2019.6,CHARMM36m 力场(2020-07)[1]。总算力未披露。

哪些模型用:Boltz-2 训练取其中 1,284 个蛋白(100 ns,取末 10 ns 共 100 帧)作为 MD 监督 [2]。

已知缺陷:每链仅 300 ns 总采样,采样时长有限,难覆盖大尺度构象转变(推断);链数口径 1,390 / 1,522 / 1,284(Boltz-2 实际使用)并存,引用须注明所指。

来源

  1. https://www.dsimb.inserm.fr/ATLAS/about.html (2026-10-15)
  2. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.06.14.659707v1.full (2026-10-15)

卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”;⚠️ 为未经独立核实。