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数据集仿真

约 2 万蛋白-配体复合物的 QM 精修加 MD 数据集

内容与规模:约 20,000 个蛋白-配体复合物,经半经验量子化学精修,并做显式水 MD,累计 >170 μs;发表于 Nat. Comput. Sci. 2024 [1][2]。

算力成本与生成方式:半经验 QM + MD;算力小时未查到。

哪些模型用:Boltz-2 将其 11,235 个系统(8 ns)纳入结构训练的 MD 数据 [3]。

已知缺陷:Boltz-2 取用的轨迹仅 8 ns,难反映结合动力学(推断);复合物来源与 PDBbind / PDBbind+ 的关系及可能继承的化学空间偏差 ⚠️ 未核。

来源

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11136668/ (2026-10-15)
  2. https://zenodo.org/record/7711953 (2026-10-15)
  3. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.06.14.659707v1.full (2026-10-15)

卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”;⚠️ 为未经独立核实。