mdCATH

数据集仿真

含力信息的多温度蛋白 MD 数据集,覆盖 5,398 个 CATH 结构域

内容与规模:5,398 个 CATH 结构域,每域 5 个温度(320–450 K)× 5 个副本;论文称累计 >62 ms,HF 卡片记 134,925 条轨迹、62.6 ms、3.3 TB、平均域长 137 aa [1][2][3]。每 1 ns 记录坐标和力,是少数提供"力"的 MD 数据集,因此可用于训练 ML 力场。

算力成本与生成方式:ACEMD、CHARMM22* 力场、4 fs 步长(氢质量重分配),跑在 GPUGRID.net 分布式志愿 GPU 上 [1][2]。志愿算力使 GPU 小时无法折算,论文未给总 GPU 小时。按总时长除以轨迹数,单条平均约 0.46 μs(推算),属"多温度短轨迹覆盖面"路线,而非长时间尺度。

哪些模型用:Boltz-2 结构训练取其 5,270 个系统(320 K,取末 10%)。

已知缺陷:license 为 CC-BY-ND-4.0,禁止衍生分发 [3];温度上限口径漂移,arXiv v1 与 HF 卡片为 413 K,Sci. Data 版为 450 K。

来源

  1. https://arxiv.org/abs/2407.14794 (2026-10-15)
  2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11643217/ (2026-10-15)
  3. https://huggingface.co/datasets/compsciencelab/mdCATH (2026-10-15)

卡片整理 2026-10-15。公司自报数据标“公司口径”;⚠️ 为未经独立核实。